La Découverte est dirigée par Stéphanie Chevrier, présidente depuis avril 2018, entourée d'un comité de direction composé de Marine Lormeau, secrétaire générale, Rémy Toulouse et Bruno Auerbach, directeurs littéraires, Stéphanie Gautheret, responsable commerciale et marketing, Pascale Iltis, directrice du service presse et de la communication, et Caroline Robert, cheffe de fabrication.
En 1983, les éditions La Découverte prennent le relais des éditions François Maspero (créées en 1959). Au mois de mai 1982, François Maspero décide de quitter la maison qu'il a fondée, après en avoir confié la direction à François Gèze, à qui il demande de poursuivre l'activité mais de changer de nom.
Au fil des années, La Découverte s'est affirmée comme l'une des rares maisons indépendantes de taille moyenne, engagée à gauche, surtout présente dans le domaine des sciences humaines et sociales et des essais.